微型PIV系统用于分析微流体的流速分布，混合，扩散等。 近年来，它被广泛用于开发微型TAS和称为芯片实验室的微型生化芯片。
在普通的微型PIV中，MD比物镜的设计焦点深度厚得多，因此，MD的厚度中包含的多个速度分量，会导致误差。由于共聚焦扫描微型PIV可以使MD更薄，因此共焦扫描微型PIV在MD区域仅包含单个速度分量，从而能够在微流体中实现准确的测量分布。在微型PIV中，通常不使用荧光颗粒，而是将荧光剂溶解在液体中，使液体本身发光。因此，在普通显微镜观察中，即使使用高NA物镜，焦平面之前和之后的荧光也作为杂散光进入，并且导致光轴方向（Z方向）上的空间分辨率降低。因为共焦点成像几乎可以清除焦平面前后的荧光亮度，所以可获得与XY方向分辨率匹配的Z方向高分辨率。
在普通的微型PIV中，MD比物镜的设计焦点深度厚的多，因此，MD的厚度中包含的多个速度分量，会导致误差。由于共聚焦扫描微型PIV可以使MD更薄，因此共聚焦扫描微型PIV在MD区域仅包含单个速度分量，从而能够在微流体中实现准确的测量分布。在微型PIV中，通常不使用荧光颗粒，而是将荧光剂溶解在液体中，使液体本身发光。因此，在普通显微镜观察中，即使适用高NA物镜，焦平面之前和之后的荧光也作为杂散光进入，并且导致光轴方向（Z方向）上的空间分辨率低。因为共聚焦点成像几乎可以清除焦平面前后的荧光亮度，所以可获得与XY方向分辨率匹配的Z方向高分辨率
